一般，医生会在腰的侧面打个小孔，然后把椎间孔镜送到腰椎病变的位置。接着把要用的手术器械，通过这根细细的管子穿进去，这些器械包括髓核钳、射频电极等。髓核钳可以把突出来的椎间盘等去掉，这样，神经路过的区域就宽敞了，不会被挤到，疼痛、麻木的症状就消失了；射频电极可以进行椎间盘成型、止血等，使术野变得更清晰，并且降低复发的风险。
椎间孔镜手术并没有想象中那么血腥和恐怖，相比传统开刀手术，椎间孔镜手术安全性更高，伤口只有6~8毫米，术后也只缝一针，创伤小不容易感染，所以术后不需要输液。由于手术并非全麻，所以患者术后可以立即进食喝水，两小时就能下地，没有特殊情况的话第二天就能出院。并且由于椎间盘里面没有神经，所以术后只有穿刺部位的小伤口有轻微疼痛。
目前能够通过椎间孔镜手术治疗的腰椎疾病主要有：腰椎间盘突出、间盘源性的腰痛、椎间盘突出合并侧隐窝狭窄或椎间孔狭窄。
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